Ночь. Город залит неоновым светом, но в переулках, куда не достают фонари, прячется настоящая жизнь. Юки — курьер на скутере, который работает в полулегальной службе доставки «Полуночный маршрут». Его задача — развозить странные посылки по адресам, которых нет на картах, клиентам, которые никогда не показывают лиц. Каждый заказ — лотерея: сегодня это может быть коробка с тишиной внутри, завтра — конверт, который жжет пальцы, а послезавтра — живой человек в багажнике, который умоляет не задавать вопросов. Юки не спрашивает. У него свои причины скрываться от прошлого, и ночные рейсы — единственный способ заработать на жизнь, не выходя на свет. Но однажды диспетчер, чей голос звучит как помехи старого радио, дает ему задание, которое ломает все правила: доставить девушку по имени Мидзуки в точку, которая исчезает с навигатора ровно в 3:33.
Мидзуки не помнит, кто она и откуда. Единственное, что у нее есть — это ключ-карта без маркировки и странная татуировка на запястье, которая светится в темноте. Юки понимает: если он довезет ее до места, его сотрут из системы. Если нет — его сотрут из реальности. Город начинает искажаться: знакомые улицы превращаются в бесконечные петли, прохожие замирают статуями, а за ними по пятам следует «Чистильщик» — существо в форме сотрудника метро, которое стирает память тех, кто увидел слишком много. Каждая остановка на маршруте — это чья-то сломанная судьба: бармен, торгующий снами, автомат с газировкой, который исполняет желания ценой года жизни, и заброшенная станция, где поезда ходят только в прошлое. Юки и Мидзуки предстоит понять, что их встреча не случайна. «Полуночный маршрут» — это не просто работа. Это система, которая перерабатывает забытые желания и страхи города, а они оба — детали, которые выпали из механизма. И чтобы выжить, им придется доехать до конечной, даже если конечная — это они сами.