Четырнадцать лет спустя после почти полного уничтожения человечества в Четвём Ударе, мир представляет собой безжизненную пустыню, отравленную Краснотой. Синдзи Икари, всё ещё раздавленный чувством вины, живёт в тихом, замкнутом поселении «Село-3» вместе с отцом-куклой и немногословной Рэй Аянами — не пилотом, а простой девушкой, нашедшей своё место в этой хрупкой идиллии. Здесь, среди повседневных забот и простых человеческих связей, он медленно начинает залечивать раны, учась ценить обычную жизнь, которую когда-то стремился защитить. Однако хрупкое равновесие рушится с прибытием сил WILLE и их флагмана «Вундер». Мисато Кацураги и её команда, включая повзрослевшую Аску, готовятся к финальной операции против Нерва и Гэндо Икари, чей план «Дополнительного Удара» угрожает навсегда стереть границы между индивидуальностями, завершив дело Инструментальности.
Финальная битва разворачивается не только в реальном мире, но и в метафизических пространствах. Синдзи, наконец обретя решимость, возвращается в Еву, чтобы противостоять отцу в странной, лимбической «Антивселенной», где сталкиваются их противоположные желания. Гэндо стремится к слиянию и искуплению через уничтожение эго, в то время как Синдзи, пройдя через боль и приняв её, выбирает мир, где люди могут быть уязвимы, одиноки, но при этом оставаться собой. В эпическом, визуально ошеломляющем противостоянии, переплетающем образы из всего цикла, Синдзи не уничтожает врага, а совершает акт глубочайшего понимания и прощения. Он отвергает предопределённые судьбы и жертвенные механизмы, используя Еву не как оружие, а как инструмент исцеления, чтобы переписать реальность. В новом, лишённом Евангелионов мире без морей, но с зелёными лугами и синим небом, герои получают шанс начать всё с чистого листа — не как пилоты, а просто как люди, с правом на ошибку и надеждой на будущее.
