В лесу Окойя, где люди давно не появлялись, живет мальчик по имени Коко. Он не знает другого мира, кроме этого священного леса, и считает себя покемоном — его вырастил и воспитал могучий Зарудо, вожак стаи сариори. Коко умеет понимать язык покемонов, лазать по деревьям быстрее любой обезьяны и сражаться с помощью лиан. Его жизнь — это бесконечная игра и охота вместе с приемным отцом, который когда-то нашел человеческого детеныша и, вопреки законам природы, решил защитить его. Но однажды в лес вторгаются люди. Ученый-исследователь и тренер покемонов по имени Сатоси вместе с Пикачу случайно натыкаются на Коко. Для мальчика это шок — он впервые видит себе подобных, слышит человеческую речь и понимает, что он не такой, как его семья. Сатоси не пытается его поймать или изучить, он просто хочет подружиться. Коко разрывается между любовью к отцу-Зарудо и внезапно открывшимся миром людей, где его ждут новые чувства и вопросы.
Тем временем в лесу появляется зловещая корпорация, которая хочет заполучить таинственный источник энергии — гигантское дерево, дающее жизнь всему Окойе. Они не остановятся ни перед чем: ни перед покемонами, ни перед самим Зарудо. Коко приходится сделать невозможный выбор — остаться в стороне или встать на защиту своего дома, используя знания, полученные от людей. Он учится управлять покеболом, но отказывается ловить покемонов, ведь они для него — братья. В финальной битве, когда лес охватывает огонь, а Зарудо получает смертельную рану, Коко объединяет силы покемонов и людей. Он понимает, что не обязан выбирать между двумя мирами — он может стать мостом между ними. Сатоси помогает ему пробудить древнюю силу дерева, и Коко, сияя, как настоящий хранитель, останавливает катастрофу. В конце он остается в лесу, но теперь знает, что у него есть друзья и за его пределами. Это история не про битвы за медали, а про то, что семья — это не кровь, а те, кто готов умереть за тебя, даже если вы говорите на разных языках.
