Сенку Ишигами, гениальный юный ученый, и его верный друг Тайджу Оки, крепкий и добрый парень, заканчивают среднюю школу. Впереди лето, полное планов: Сенку грезит о новых химических опытах и починке старого радиоприемника, а Тайджу мечтает наконец признаться в любви своей давней подруге Юдзурихе Огаве. Но их мир переворачивается в один миг. С неба обрушивается ослепительная зеленая вспышка, и все человечество, от школьников до стариков, мгновенно превращается в камень. Сознание Сенку угасает последним — он успевает зафиксировать время катастрофы и понять, что это не просто молния, а нечто глобальное. Тысячи лет спустя, в мире, где цивилизация стерта в пыль, а статуи людей покрыты мхом, Сенку просыпается. Его разум, острый как скальпель, начинает лихорадочно работать. Он понимает: чтобы выжить и спасти остальных, нужно не просто добыть огонь, а возродить науку с нуля.
Первые шаги в каменном мире — это жестокая борьба за существование. Сенку и очнувшийся рядом Тайджу сталкиваются с голодом, дикими зверями и полным отсутствием привычных благ. Сенку, используя свои энциклопедические знания, учит Тайджу добывать огонь трением, изготавливать примитивное оружие и строить убежище. Но главная цель — найти способ оживить других. Сенку разрабатывает адскую смесь из сока ракушек и уксуса, чтобы создать кислоту, способную растворить камень. Это смертельно опасный эксперимент, где одна ошибка стоит жизни. Параллельно они находят первую ожившую девушку — Юдзуриху, которая сохранила свою красоту и доброту даже после тысячелетнего сна. Вместе они сталкиваются с первым серьезным испытанием: нападением стаи львов. Сенку, лишенный физической силы, вынужден импровизировать, используя химию и тактику. Этот эпизод закладывает фундамент для будущей «Каменной войны» — войны не мускулов, а знаний, где главным оружием станет не кулак, а пробирка и формула.