Третий сезон «Великого из бродячих псов» начинается с того, что Ацуши Накаджима и его коллеги по Детективному агентству оказываются втянуты в водоворот событий, корни которых уходят в прошлое. Всё закручивается вокруг таинственной книги, способной переписывать реальность, — того самого артефакта, который ищут все фракции города. Однако главный удар наносится не со стороны Портовой мафии, а из-за границы: в Иокогаму прибывает международная преступная организация «Гильдия» во главе с эксцентричным Фрэнсисом Фицджеральдом. Их цель — любой ценой заполучить книгу, и для этого они готовы уничтожить как детективов, так и мафию. Ацуши и его напарник Рюноске Акутагава, вынужденные работать вместе под руководством Осаму Дадзая, сталкиваются с новыми врагами, обладающими пугающими способностями. Особое место занимает встреча с Люси Мод Монтгомери, девушкой, чей дар управлять пространством внутри книги ставит Ацуши перед сложным моральным выбором. Параллельно раскрываются тёмные страницы прошлого Дадзая, его связь с таинственным Фёдором Достоевским и тайны организации «Крысиный король», которая плетёт интриги за кулисами.
Вторая половина сезона переводит историю в совершенно иное русло, погружая зрителя в события четырёхлетней давности. Зритель видит молодого Дадзая, который тогда ещё был высокопоставленным членом Портовой мафии. Именно в этот период он знакомится с Чуей Накахарой — мальчиком, обладающим разрушительной силой управления гравитацией. Их первая встреча начинается с кровавой стычки, но постепенно перерастает в нечто большее. Арка «Тёмная эра» показывает, как Дадзай, уставший от бессмысленного насилия, пытается найти способ выбраться из мафии, а Чуя, преданный старыми друзьями, ищет своё место в мире. Вместе они сталкиваются с угрозой в лице организации «Зеркальный зверь» и её лидера, который способен копировать способности других. Этот сюжетный поворот не только объясняет, почему Дадзай и Чуя стали непримиримыми врагами, но и показывает, что их связь гораздо глубже, чем простая вражда. Финал сезона вновь возвращает в настоящее, где Ацуши и Акутагава, объединив усилия, дают отпор «Гильдии», но главная угроза в лице Достоевского и его планов по уничтожению Иокогамы только начинает проявляться, оставляя зрителя в напряжённом ожидании.
