Однажды яркая зеленая вспышка озарила небо, и всё человечество мгновенно превратилось в камень. Прошли тысячелетия. В 2019 году очнулся гениальный старшеклассник Сэнку Исигами — фанатик науки с IQ под двести. Он не просто выжил, а решил заново отстроить цивилизацию с нуля. Первым делом Сэнку пробуждает своего лучшего друга Тайдзю, который славится невероятной физической силой, но абсолютно не дружит с головой. Вместе они начинают с самых основ: добывают огонь, варят мыло, строят печи и создают простейшие лекарства. Однако идиллия рушится, когда они сталкиваются с другим пробудившимся — Цукасой Сисио, могучим воином, который видит мир иначе. Цукаса считает, что наука и технологии развратили людей, и хочет построить утопию, где правят только сила и чистота юности. Он убивает взрослых и собирает армию детей, чтобы уничтожить все достижения прогресса. Сэнку понимает: чтобы спасти человечество, ему нужно не просто выжить, а выиграть время. Он объявляет войну Цукасе, но не мечом, а знаниями.
Сэнку бежит на остров, где находит единомышленников — отважного охотника Кокую и талантливого ремесленника Хром. Вместе они создают первую в новом мире лабораторию, добывают серу из вулканов, варят порох и строят телефонную связь из бамбука и ракушек. Каждый шаг — это битва за выживание: нужно добыть железо, чтобы сделать хирургические инструменты, изобрести лампочку, чтобы работать ночью, и даже запустить ракету, чтобы добраться до Луны за редкими ресурсами. Сэнку не просто строит технологии — он перевоспитывает людей, доказывая, что наука может быть доступна каждому. Когда Цукаса захватывает заложников, Сэнку идет на рискованный шаг: он создает антибиотик из плесени, чтобы спасти смертельно больного врага, и тем самым перетягивает на свою сторону часть его армии. Финал первой арки — это грандиозное противостояние, где вместо крови льется пот, а главное оружие — это электричество и химия. Сэнку доказывает, что даже в каменном веке можно построить космический корабль, если не бояться ошибок и верить в силу разума.