В токийском районе Синдзюку, где неоновая реклама разбивается о стены старых храмов, а запах жареных креветок смешивается с ладаном, существует неприметное агентство «Полуночные служащие». Его офис затерялся между круглосуточным магазином и закусочной, но вывеска светится тусклым фиолетовым светом ровно в полночь. Сюда приходят не за справками или кредитами. Сюда приходят те, кто столкнулся с тем, что не должно существовать: с проклятыми видеокассетами, где вместо фильма — твоя собственная смерть; с зеркалами, в которых отражение живёт своей жизнью; с духами, застрявшими между мирами из-за неоплаченного счёта за электричество. Штат сотрудников невелик: хмурая начальница, которая пьёт кофе литрами и видит ауры, парень-отаку, разбирающийся в ритуалах лучше, чем в аниме, и молчаливая девушка, способная одним прикосновением «перезагрузить» одержимый предмет. Их работа — не изгонять демонов с мечом наперевес, а оформлять документы, составлять акты и находить бюрократическое решение для каждой паранормальной проблемы.
Однажды в офис врывается перепуганный студент с историей о том, что его сосед по общежитию превратился в ходячий плесневелый гриб после того, как съел просроченное онигири из автомата. Обычное дело, но в процессе расследования выясняется, что гриб — не просто проклятие, а побочный продукт деятельности корпорации, которая легально сбрасывает магические отходы в городскую канализацию. «Полуночным служащим» приходится не только улаживать конфликт с разбушевавшимся грибным духом, но и разбираться с целой сетью подпольных сделок, где замешаны и жадные бизнесмены, и древние ёкаи, потерявшие работу из-за урбанизации. Каждый новый случай — это клубок из человеческой глупости, корпоративной жадности и настоящей магии, которую нужно не уничтожить, а правильно оформить. Сотрудники балансируют на грани: если вовремя не поставить нужную печать, проклятие может перекинуться на весь квартал, а если перестараться с защитой — нарушить хрупкий договор между миром живых и миром духов, подписанный ещё в эпоху Эдо.