Токио, 2036 год. Человечество победило болезни, старость и саму смерть благодаря системе «S.H.E.L.L.», которая перепрограммирует клетки тела, превращая людей в практически бессмертных киборгов. Однако у этой утопии есть теневая сторона — «Неполноценные», те, чья психика не выдерживает разрыва между цифровым бессмертием и биологической природой. Они сходят с ума, их тела начинают отторгать импланты, превращая носителей в чудовищных мутантов. Главный герой, Ёдзо Оба, — циничный и апатичный молодой человек, который давно потерял интерес к жизни. Он живёт в трущобах, перебивается случайными заработками и презирает как богачей, контролирующих «S.H.E.L.L.», так и бунтарей, пытающихся разрушить систему. Его мир переворачивается, когда он случайно спасает девушку-террористку Томоэ от полицейских дронов. Вместе с ней он оказывается втянут в подпольную войну против корпорации, которая на самом деле использует «Неполноценных» как подопытных кроликов для создания биологического оружия.
Оба узнаёт, что его собственная клеточная структура уникальна — он единственный человек, чей организм способен выдержать прямое подключение к ядру «S.H.E.L.L.». Это делает его ключом к уничтожению всей системы или, наоборот, к её абсолютной диктатуре. Корпорация охотится за ним, чтобы превратить в идеального солдата, лишённого эмоций, а повстанцы видят в нём оружие для освобождения человечества. Но сам Оба не хочет быть ни героем, ни спасителем. Он слишком хорошо знает цену чужой свободы и слишком устал от мира, где смерть стала роскошью. Единственное, что его по-настоящему волнует, — это загадочная девушка по имени Ёсико, чьё лицо он видит в своих снах. Оказывается, она — первая «Неполноценная», которую корпорация заморозила десятилетия назад, и её сознание всё это время было подключено к сети, наблюдая за миром через чужие глаза. В финале Оба должен сделать выбор: разрушить «S.H.E.L.L.» и вернуть человечеству право умирать, рискуя погрузить мир в хаос, или принять свою роль винтика в машине, которая лишила людей души.
