Вторая часть Фури-кури начинается с того, что Харуко Харухара, которая наконец-то обрела покой и перестала быть пешкой в чужих играх, пытается жить обычной жизнью. Но тишина длится недолго. Медицинская корпорация, скрывавшаяся за кулисами, запускает новый проект — «Фури-кури 2.0». Они находят способ извлекать НО (научно-озорную) энергию напрямую из подсознания людей, минуя сложные ритуалы с гитарами и роботами. В городе начинают пропадать подростки, а на их месте появляются странные, пустые куклы, которые ведут себя как обычные люди, но лишены эмоций. Наоки, брат Мамими, который теперь работает в полиции, расследует это дело и натыкается на след старой лаборатории, где когда-то создавали проект «Атомск». Там он находит дневник, из которого узнает, что настоящей целью корпорации было не просто создание оружия, а перепрограммирование человеческой души.
Параллельно Харуко начинает видеть странные сны, в которых она снова встречает Атомска, но тот ведет себя иначе — он не пытается её уничтожить, а предупреждает о надвигающейся катастрофе. Оказывается, что в момент его уничтожения часть его сознания сохранилась в цифровом пространстве, и теперь он пытается связаться с ней через сны. Корпорация, узнав об этом, похищает Харуко, чтобы использовать её как ключ к полному воскрешению Атомска, но уже под своим контролем. Мамими, которая теперь работает в автомастерской и пытается забыть прошлое, снова берет в руки свою гитару. Она понимает, что единственный способ остановить корпорацию — это создать новый, более мощный источник НО-энергии, который сможет перезаписать программу, вшитую в пропавших подростков. В финале Харуко, Мамими и Наоки объединяются, чтобы проникнуть в главный сервер корпорации, где их ждет не просто битва с роботами, а встреча с цифровым призраком Атомска, который предлагает им выбор: уничтожить всё разом, стерев память человечества о НО-энергии, или рискнуть и создать новый мир, где технологии и эмоции больше не будут противостоять друг другу.
