Оказавшись в мире, где Курису Макисе суждено погибнуть, а спасти её невозможно, Окабэ Ринтаро сломлен. Он отказывается от титула Безумного Учёного, пытаясь забыть о путешествиях во времени и жить обычной студенческой жизнью. Но прошлое не отпускает: кошмары о смерти Курису преследуют его, а каждый намёк на теорию относительности вызывает приступ паники. В Токийском университете он знакомится с профессором Алексисой Лескен, чьи исследования квантовых нейронов пугающе близки к созданию машины времени. Одновременно в его жизни появляется загадочная девушка Махиру Хиёдзё, которая работает в лаборатории профессора и носит с собой странный гаджет. Окабэ пытается держаться в стороне, но когда в Акихабаре происходит теракт, а его друзья из лаборатории оказываются в опасности, он понимает: судьба снова затягивает его в водоворот. Единственный способ защитить близких — вернуться к исследованиям, но каждый шаг грозит разрушить хрупкое равновесие реальности.
Вместе с Маюри и Сузухой Окабэ погружается в тайны проекта «Амадеус» — системы, способной воссоздать личность человека на основе его воспоминаний. В виртуальном пространстве воскресает Курису, но это лишь её цифровой призрак, лишённый души. Окабэ разрывается между желанием снова услышать её голос и страхом перед последствиями. Тем временем из будущего прибывает новая угроза — организация «Стратегический совет 300», которая охотится за технологией скачка во времени. В попытке предотвратить войну, Окабэ сталкивается с альтернативными версиями себя, где его решения привели к катастрофе. Каждая временная линия становится испытанием: спасая одного друга, он обрекает другого на смерть. В финале, когда мир балансирует на грани коллапса, Окабэ осознаёт, что единственный выход — не изменить прошлое, а создать будущее, где Курису сможет жить. Ценой собственного рассудка он отправляет последнее D-mail, запуская цепь событий, ведущих к истинному финалу «Врат Штейна».
