Второй сезон «Переворотного суда» начинается ровно там, где закончился первый: зал суда вздрагивает от удара молотка, и приговор, который никто не ожидал услышать, вступает в силу. Главный герой, чья репутация была разрушена в финале предыдущего сезона, оказывается за решёткой, но не сломлен. Его бывшие союзники теперь либо молчат, либо открыто предают, а система правосудия, которую он пытался реформировать, использует его же методы против него. Однако тишина тюремной камеры длится недолго: на поверхность всплывают документы, связывающие верховных судей с подпольной сетью, контролирующей не только законы, но и саму память людей. Следствие ведёт молодая следовательница, которая в прошлом сезоне была лишь статисткой в зале заседаний — теперь ей предстоит взять на себя роль защитника, не имея ни опыта, ни поддержки. Единственная ниточка, ведущая к правде, — это зашифрованные показания, оставленные главным героем перед арестом.
Параллельно разворачивается линия таинственного «Судьи теней», который вершит правосудие вне закона, казня коррумпированных чиновников без суда и следствия. Общество раскалывается: одни видят в нём героя, другие — угрозу ещё более страшную, чем продажные судьи. Главный герой, находясь в заключении, вынужден лавировать между тюремными авторитетами и агентами влияния, чтобы передать на волю ключ к разгадке. Вторая половина сезона превращается в шахматную партию, где каждый ход — это риск получить пожизненный срок или, что ещё хуже, потерять последних верных людей. Финал подводит к неожиданному повороту: выясняется, что «Судья теней» и главный антагонист из первого сезона — это одно лицо, но его мотивы оказываются пугающе логичными. Последняя сцена оставляет зрителя перед выбором: чью сторону принять, когда закон и справедливость окончательно расходятся по разные стороны баррикад.
