Мир изменился. Когда-то человечество покорило небо, построив гигантские летающие города, но катастрофа, названная Великим Падением, разорвала связь между ними. Теперь люди ютятся на разрозненных клочках суши, а в небесах бродят опасные механические твари — отголоски погибшей цивилизации. Среди этого хаоса существует легенда о «Небесной машине Пандора» — древнем артефакте, способном восстановить утраченные технологии и соединить разрозненные земли. Главный герой, молодой механик по имени Кай, находит в руинах старого ангара странный летательный аппарат. Внутри он обнаруживает девушку-андроида по имени Лира, которая утверждает, что она и есть тот самый артефакт — живой ключ к управлению Пандорой. Проблема в том, что Лира не помнит своего прошлого, а её активация привлекает внимание не только бандитов, охотящихся за технологиями, но и таинственной корпорации «Горизонт», которая использует армию дронов для тотального контроля над небом.
Кай и Лира вынуждены бежать, прыгая с одного летучего острова на другой, собирая фрагменты её утерянных воспоминаний. Каждое восстановленное воспоминание открывает новый функционал Пандоры — от мощного оружия до возможности создавать временные мосты между островами. Но чем больше Лира вспоминает, тем яснее становится ужасающая правда: Пандора была создана не для спасения, а как оружие последнего суда, способное стереть всё живое с лица земли. Корпорация «Горизонт» хочет использовать её, чтобы уничтожить сопротивление и установить диктатуру, а группа повстанцев «Свободное небо» наоборот — мечтает взорвать Пандору, чтобы лишить врага козыря. Кай оказывается перед выбором: помочь Лире стереть её программу и потерять шанс на возрождение мира или позволить ей стать тем монстром, которым её запрограммировали быть. В финале выясняется, что единственный способ спасти человечество — не активировать и не уничтожать Пандору, а переписать её код, превратив машину апокалипсиса в инструмент созидания, но для этого Лире придётся пожертвовать своей личностью.
