Бэтмен, преследуя своего заклятого врага Гориллу Гродда через пространственно-временной портал, проваливается в феодальную Японию эпохи Сэнгоку. Здесь, в мире, где правят мечи и магия, он лишается своего высокотехнологичного арсенала. Бэтмобиль превращается в нечто среднее между повозкой и механическим конем, а Бэт-костюм становится тяжелыми доспехами самурая. Гродд, используя свои технологии и контроль над разумом, быстро объединяет разрозненные кланы ниндзя под своим знаменем, переписывая историю. Он не просто хочет захватить власть — он намерен изменить само время, сделав себя вечным сёгуном. Тем временем другие злодеи из Готэма, перенесенные вместе с ними, находят свое место в этом мире: Джокер становится безумным даймё, управляющим армией кукольных ниндзя, а Женщина-Кошка — загадочной воровкой, балансирующей на грани между помощью и предательством.
Брюсу Уэйну приходится заново учиться быть воином, осваивая искусство ниндзюцу и фехтование катаной. Он находит союзников в лице местных жителей, которые видят в нем легендарного «Черного рыцаря» из пророчеств. Кульминацией становится осада замка Гродда, где Бэтмен сталкивается с армией механизированных ниндзя и самим Гориллой, который в этом мире обрел форму гигантского демона-воина. В финальной битве, где смешиваются технологии будущего и древние ритуалы, Бэтмену приходится сделать невозможный выбор: уничтожить портал, навсегда оставив себя в прошлом, или рискнуть всем, чтобы вернуть злодеев в Готэм. Он выбирает третий путь, используя хитрость и тактику, чтобы обратить силы врага против него самого, но цена за победу оказывается высокой — границы между эпохами стираются, оставляя Темного рыцаря в мире, где он навсегда останется чужаком, но станет легендой.
