Человечество, загнанное в угол. После того как Годзилла, чудовище, питающееся ядерной энергией, эволюционировал до немыслимых масштабов и уничтожил почти всё живое на Земле, остатки людей бегут в космос. Долгие двадцать лет они скитаются на борту ковчега «Бильсагот», разрабатывая план мести. Их оружие — нанотехнологии, способные переписать генетический код самого монстра. Вернувшись на опустошённую планету, они обнаруживают, что Годзилла изменился. Он больше не просто животное. Его тело стало источником биолюминесцентного тумана, который душит планету, а вокруг него сформировалась новая, чудовищная экосистема. Люди вступают в бой, но их технологическое превосходство разбивается о грубую силу и адаптивность титана. Кажется, что план провалился, и человечество обречено.
Однако в ходе атаки выясняется страшная правда. Годзилла — не просто мутант. Он — биологическое оружие, созданное древней цивилизацией для уничтожения угроз из космоса. Его истинная цель — не разрушение Земли, а защита её от паразитической сущности, которая уже проникла в атмосферу. Эта сущность, названная Гидорой, питается планетарной энергией и стремится поглотить всё живое. Люди, в своей слепой ненависти, чуть не уничтожили единственного защитника. Теперь, когда Годзилла ослаблен, Гидора начинает своё вторжение, принимая форму гигантского трёхголового дракона из чистой энергии. Человечеству приходится сделать невозможный выбор: объединиться с чудовищем, которое истребило их цивилизацию, или погибнуть вместе с планетой. Финальная битва разворачивается не на земле и не в небе, а на границе реальности, где решается судьба не только мира, но и самой концепции жизни во Вселенной.
