Второй сезон «Шоколада Купидона» начинается ровно там, где закончился первый: Кохаку наконец осознаёт, что её шоколадные стрелы действуют не по правилам. Она больше не может делать вид, что всё это просто случайность. После того как её последняя конфета вызвала настоящий ураган чувств между двумя заклятыми врагами, в школе начинается хаос. Но вместо того чтобы радоваться успеху, Кохаку замечает странную пустоту: пары, созданные её шоколадом, ведут себя неестественно, словно марионетки. Они улыбаются слишком широко, ссорятся слишком театрально, а их глаза иногда стекленеют. Вскоре выясняется, что в городе появился таинственный кондитер, который продаёт десерты, способные не просто влюблять, а полностью стирать волю человека. Кохаку понимает, что её дар — не игрушка, а оружие, и теперь кто-то использует его во зло. Ей придётся разобраться в природе своей силы, пока её собственные чувства к парню, который не поддаётся шоколаду, не стали для неё самой опасной ловушкой.
Параллельно развивается линия с новым учеником, который появляется в классе Кохаку. Он холоден, расчётлив и, кажется, знает о шоколадной магии больше, чем сама героиня. Он не ест сладкое, но постоянно наблюдает за ней. Кохаку подозревает, что именно он стоит за появлением тех самых опасных десертов, но доказательств нет. В попытке остановить волну фальшивых влюблённостей, она решает использовать свой шоколад не для создания пар, а для разрушения чужих чар. Это приводит к драматическим последствиям: разбитые сердца начинают бунтовать, а те, кто успел съесть запретные сладости, теряют память. Кохаку оказывается между двух огней: ей нужно спасти друзей, не потеряв себя, и при этом разобраться, почему её собственное сердце тянется к тому, кто, возможно, её главный враг. В финале сезона выясняется, что таинственный кондитер — это её давно потерянный старший брат, который считает, что настоящая любовь — это слабость, и хочет очистить мир от спонтанных чувств, заменив их контролируемой привязанностью. Кохаку придётся сделать выбор: отказаться от своего дара или принять его тёмную сторону, чтобы спасти тех, кого она любит.
