Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие на несколько лет вперед, когда система Sibyl окончательно укрепила свою власть, но трещины в ее фундаменте становятся все заметнее. Главные герои — два новых инспектора Бюро общественной безопасности, Армин Шиона и Кей Михаил Игнатов. Они — «двойники», напарники, чьи показатели Психо-паспорта идеально чисты, но чьи методы работы вызывают вопросы у начальства. Шиона — хладнокровный аналитик, способный просчитывать преступления на несколько ходов вперед, а Игнатов — бывший военный с загадочным прошлым, который использует нестандартные и порой жестокие приемы. Вместе они расследуют серию убийств, жертвами которых становятся беженцы, ищущие убежища в Японии. Однако вскоре выясняется, что эти смерти — лишь верхушка айсберга, скрывающего заговор, угрожающий самому существованию Sibyl.
Сюжет закручивается вокруг таинственной организации «Будущее», которая, в отличие от обычных преступников, не пытается скрыть свои действия, а, наоборот, оставляет на месте преступлений зашифрованные послания. Эти послания адресованы лично инспекторам и указывают на то, что система не просто ошибается, а активно манипулирует реальностью, скрывая правду о так называемых «неприкасаемых» — людях, чей Психо-паспорт невозможно измерить. Параллельно развивается линия старого знакомого — Сёго Макисимы, чье влияние, казалось бы, давно сошло на нет, но его идеи о свободе воли и цене «идеального общества» вновь всплывают в действиях новых антагонистов. Шиона и Игнатов вынуждены лавировать между приказами начальства, собственной совестью и растущим пониманием того, что Sibyl, защищая порядок, уничтожает саму возможность человеческого выбора. Финал сезона оставляет зрителя на грани: раскрывается, что за «Будущим» стоят не просто фанатики, а люди, которые знают о системе больше, чем сами ее создатели, и их план может либо разрушить Sibyl, либо превратить ее в еще более чудовищный механизм контроля.
